玄都宝藏为元代编纂[zuǎn]的道藏。元太宗九年(1237)，道士宋德方、秦志安搜求遗经，计划重刊《道藏》。历时八年，成《藏》於元乃马真皇后称制的第三年(1244)，共七千八百余卷，仍取名《玄都宝藏》，经板存於平阳玄都观。元世祖至元八年(1281)，诏令焚毁除《道德经》以外的其余《道藏》经文印板，《玄都宝藏》刊板遂遭焚毁，自南北朝唐宋以来历代隐士与道士精心积累保存的大批珍贵典籍，都因此次“至元焚经之祸；而致缺佚。据考证，现存《正统道藏》所收《道藏阙经目录》中著录的许多道书，就是在元代焚经后缺佚的。元朝统治者的文化政策，是道教文献与中华文化遭受了无法挽回的巨大损失。今不存。 金代
《大金玄都宝藏》共6,455卷，于1189年由金代皇室下诏编印，主编是天长观提点孙明道。 金代御用道观天长观的飞玄阁藏有宋朝道藏《万寿道藏》，但卷帙[zhì]不全。1186年孙明道奉诏提点天长观，有意补缀观内道藏。1188年，金世宗下诏移送开封的道藏经板到天长观，又以金中都玉虚观所藏道藏补充天长观所阙的道经，使天长观有一套较完整的道藏。 金章宗于1189年下令孙明道编印道藏。孙明道分遣道士四出访求遗经，求得遗经1074卷，补充原有5481卷的《万寿道藏》；道士赵道真则为雕版版材作募捐。至1092年编成《玄都宝藏》，共6455卷，602帙。