鞭毛虫是肉足鞭毛门、鞭毛虫纲的一类以鞭毛作为运动细胞器的原虫，有一根或多根鞭毛，少数种类 为无鞭毛的阿米巴型。鞭毛虫种类繁多，分布广泛，生活方式多种多样，营自生生活或寄生生活。营寄生生活的鞭毛虫主要寄生于宿主的消化道、泌尿道、血液及组织内。寄生人体的鞭毛虫常见的有十余种，其中利什曼原虫、锥虫、蓝氏贾第鞭毛虫及阴道毛滴虫对人体危害较大。[1] 鞭毛虫根据其运动方式而得名。它们摆动鞭毛而运动。鞭毛与纤毛相比除了长一些之外，其它方面均相似。鞭毛虫的身体纤细，呈毛发状，能朝各方面弯曲。有些种类的鞭毛虫只有一根鞭毛，有些则有几根，这几根鞭毛各自独立运动。纤毛则不同，它们一起运动。鞭毛通常位于身体的一端。鞭毛虫大约有2000种，其中有许多属于寄生虫，例如引起非洲昏睡病的叶状锥虫。锥虫在人类宿主的血液中繁殖，直到最后将宿主脑部损坏导致宿主死亡。[2] 定义
鞭毛虫（lagellate）是以鞭毛作为运动细胞器的原虫。因种类的不同虫体有一根或数根鞭毛，以二分裂方式繁殖。对人体危害较大的鞭毛虫有杜氏利什曼原虫、阴道毛滴虫、蓝氏贾第鞭毛虫等。鞭毛亚门(Mastigophora)的原生动物。多为单核，具鞭毛1或多根，用于运动和感觉。许多鞭毛虫具薄而坚韧的表膜或被以一层胶状物。无性(纵裂)或有性生殖。鞭毛虫可分2纲︰植鞭毛虫纲(Phytomastigophorea,类似植物)及动鞭毛虫纲(Zoomastigophorea,类似动物)。 植鞭毛虫纲含叶绿素，能营光合作用，如眼虫和腰鞭毛虫。植鞭毛虫纲和藻类之间无明显区别。某些植鞭毛虫类在植物分类学上置于藻类中。动鞭毛虫纲的成员无色，接近于动物，如共生的超鞭虫。有的动鞭毛虫生活在白蚁和蟑螂消化道中，能帮助昆虫利用纤维素中的营养。鞭毛虫有单独的、群体的(团藻虫属〔Volvox〕)、自由生活(眼虫属〔Euglena〕)或寄生的(锥虫属〔Trypanosoma〕)。寄生的类型在宿主的肠或血流中，许多其他鞭毛虫(腰鞭毛虫)跟浮游生物一样有的生活在海水里，有的生活在淡水中。