高座寺始建于西晋永嘉年间（307～313年），初名甘露寺，得名于西晋（265～316）年间的甘露井，因水质清纯甘甜，被誉为“甘露”。幽然静卧的古井上建有八角亭，秀逸空灵，古朴典雅，至今仍在寺北面拱门外。 历史沿革
据《金陵梵刹志》记载：东晋初（317～323年），龟兹国沙门帛尸梨密多罗来建康，丞相王导拜其为师，亲自为他驾牛车，称“高座”法师。他在建康译出《大孔雀明王神咒经》等密教经典，最早把密宗传到南京，也是密宗第一次在中国传播。传说帛尸梨密多罗讲经说法时坐在高处，尊称“高座道人”，因以“高座”为寺名。另《同治上元志》说：“卒于梅冈，成帝于冢立高座寺。” 明朝洪武初年（1368～1398年）高座寺废，后建筑也多毁于火。