2005年12月23日，JumpFesta上展示了名为“2006年新数码兽计划”的短篇，预示着数码兽新动画（《数码兽拯救者》）的展开，于富士电视台播放。系列时隔数年再次展开，主人公一行的年龄由小学生提升到了中学生。故事方面采用了以前未有的路线，主人公大门大加入与数码兽对抗的组织，通过交战解决数码兽引起的各类事件和人类利用数码兽的事件。[1] 剧情简介
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。 托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。