东碇岛近半圆形，直径约334米，面积0.0573平方千米，岸线长1.2千米，由灰黑、灰绿色玄武岩组成，偶夹沙砾岩、砂岩及泥岩，局部夹油页岩及褐煤，地表植被发育，基岩海岸。[1] 1996年5月15日，中华人民共和国政府根据1992年2月25日颁布的《中华人民共和国领海及毗连区法》，宣布了中华人民共和国大陆领海的部分基线和西沙群岛的领海基线，东碇岛被列入其中。[1][5] 名称由来
东碇岛有个别称为教堂岛，这是由于罗伯特·福琼在进入通商口岸厦门之前，经过东碇岛的时候注意到由于海岸受海水侵蚀，岛上形成了一个天然拱门，因此这个岛也被称为“教堂岛”( Chapel Island )。[2]