水韭亚门（Isoephytina）是蕨类植物门（Pteridophyta）的1个亚门，包含了水韭属（Isoetes L.）的植物。这些植物在系统演化上具有独特的地位，因其形态特征和生长环境的特殊性，在研究上具有重要价值。 本亚门仅1目1科，现存的仅水韭属1属，约有60余种，广布世界各地。它们均生于沼泽、沟塘淤泥中，由于人为的环境破坏，已列为国家第三类保护植物。水韭过去作为一个目放在鳞叶门内，和石松目、卷柏目并列；近代则为石松亚门下的一个目。1978年秦仁昌发表中国蕨类植物系统时成立水韭亚门。 形态特征
水韭亚门的植物体形似韭菜，茎块状，2～3瓣裂，下部生根，叶扁平似韭，基部扩大成鞘状，莲座状生于茎上。在接近扩大处的腹面有一叶舌，其下生有鳃盖状的保护结构──缘膜，覆盖着叶腋长出的孢子囊。大孢子囊通常生于外围叶的叶腋，小孢子囊则生于内层叶，分别产生大、小孢子。孢子萌发后发育成大、小配子体，产生雌、雄两性器官，进行有性繁殖。水韭叶内有4个纵向气室，并常为横向隔膜分隔成小室，这是水生植物中的特有结构。 水韭属植物的茎粗短块状，茎下部的纵沟内有许多须状不定根，具有根托，茎内有次生生长的结构。叶细长丛生，螺旋状紧密排列，近轴面具叶舌，有大小孢子叶之分。茎的外周多为大孢子叶，而茎中间多为小孢子叶。