近代开始，印度洋沿岸就是葡萄牙与奥斯曼两大强权的争夺目标。其中，东非海岸的位置尤为重要，也就成为了双方反复易手的直接战场。位于当代肯尼亚海岸的蒙巴萨城，又是这个不引人注意战场的焦点。 1589年3月，大海盗米尔·阿里·贝格率领少量奥斯曼船舰增援蒙巴萨，抵御葡萄牙人的进攻。当葡萄牙人获胜时，来自内陆的食人族也洗劫了蒙巴萨，给予这座城市毁灭性打击。 悠久的起源
虽然在传统上，蒙巴萨自认为是公元900年才建立的港口城市，但当地的历史起源要比这种穆斯林纪年悠久许多。
早在古典时代，受印度洋海上贸易线路的开拓影响，整个东非海岸就成为了重要的洲际贸易集散地。最初的托勒密希腊人，就需要在去往东方之余，也获得来自南部内陆的黄金和象牙。于是，有着丰富航海经验的地中海水手，便贴着海岸向南前进。结果自然是促进了东非地区的文明发展。一系列为进行海洋贸易而建的城市，纷纷出现于古老的海岸线上。这比后来穆斯林船队在西非的探索，更加古老而影响深远。坐落于海岛上的蒙巴萨，便在这一时期就出现了稳固的定居点。