北京市第三十九中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女中、耕莘中学（两所寄宿制教会学校），1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名为北京市第三十九中学。
2019年3月，入选北京市首批义务教育学校管理标准达标学校。 校史概况
北京市第三十九中学前身是光华女中、耕莘中学两所寄宿制教会学校。
光华女中肇始于清季。当时女界之先觉者知非兴学育材、发展女教不足以培养国本、改进社会，因于京师西什库南端若瑟会址约集同志，讲学论道。至民国十一年七月（公元1922年）为培植女学师资起见，设立若瑟女学师范学校及附属小学，后正式呈准立案。民国十八年八月（公元1929年）依照部章，停办师范，改办中学，但高中仍为师范并易名为北平市私立光华女子中学。后由校董事会另推贺德馨为校长。民国二十三年秋季（公元1934年）遵照新颁布学制，将高中师范班逐年结束，初、高级一律改为中学。民国二十六年六月（公元1937年），为加强督促与指导，增聘田耕莘主教为该校名誉董事长。