生物扰动（英文名称：bioturbation）是指生活在沉积物中的动植物通过其活动，如挖洞、摄取和排便，对沉积物的原始胶结和构造进行破坏和再加工的过程。这种活动不仅包括搅动、混合和破坏沉积颗粒，还能改变沉积物的结构纹理。痕迹化石是动植物在海洋和陆地沉积物中留下的活动遗迹，是生物扰动的直接证据。 释义
生物扰动指生物在沉积物中的强烈搅动作用，如生物的强烈潜穴活动，形成重复交错的潜穴构造等。
起源
Droser和Bottjer（1986年）首次正式提出了半定量划分生物扰动等级的方案，共分六级。第一级：无生物扰动，地层保持原始沉积层理；第二级：遗迹化石清晰可辨，至多10%的原始沉积层理被扰动；第三级：遗迹化石基本可辨，但潜穴局部相互叠覆，10%～40%的原始沉积层理被扰动；第四级：原始沉积层已难以辨认，40%～60%的原始沉积层理被扰动；第五级：原始沉积层已完全破坏，但潜穴依然可以观察到；第六级：原始沉积层因扰动而彻底均一化。