特别旗在中华民国时期是一种准一级行政区划单位，不受盟部管辖，直属于行政院。在国民政府执政的中国大陆末期，存在四个特别旗，分别是阿拉善霍硕特旗、额济纳旧土尔扈特旗、土默特旗和伊克明安旗，这些特别旗分别隶属于当时的宁夏省和绥远省、黑龙江省。 行政地位与职能
特别旗在行政级别上理论上与省、直辖市同级，但根据1931年国民政府颁布的《蒙古盟部旗组织法》，特别旗在处理某些省级事务时，需要与相应的省级政府进行会商。这表明特别旗并未完全拥有一级行政区划的所有职能，而是在某种程度上与省级政府共同管理地方事务，体现了省县、盟旗双轨并行的行政制度。