内蒙古自治区水利厅，根据中共中央、国务院批准的《内蒙古自治区机构改革方案》和自治区印发的《内蒙古自治区机构改革实施意见》，内蒙古自治区水利厅是自治区人民政府组成部门，为正厅级。[1]
主要职责
自治区水利厅贯彻落实党中央关于水利工作的方针政策和自治区党委相关决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对水利工作的集中统一领导。主要职责是：
（一）负责保障水资源的合理开发利用。拟订全区水利规划和政策，起草有关地方性法规、规章草案，组织编制全区水资源规划、重要江河湖泊流域综合规划、防洪规划等重大水利规划。
（二）负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。组织实施最严格水资源管理制度，实施水资源的统一监督管理，拟订全区水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。负责全区重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度。组织实施取水许可、水资源论证和防洪论证制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水利行业供水和苏木乡镇供水工作。