许多不同的物种间都具有同源性。现代分子生物学中的同源性描述的是基因与基因之间相似关系，它表明的是两个相比较的序列之间的匹配程度。一般来说，如果两条基因序列相似性达80% ，就可以把它们称为“同源基因(homologousgene)”。为了便于研究，Fitch又把同源基因分为直向同源基因、横向同源基因和异源同源基因。 主要种类
1．直向同源基因
直向同源基因(orthologous gene)又译为“垂直同源基因”、“正同源基因”或“定向进化同源基因”、“直系同源基因”，是指从同一祖先垂直进化而来的基因。或者说，一个祖先物种分化产生两种新物种，那么这两种新物种共同具有的由这个祖先物种继承下来的基因就称为直向同源基因。直向同源基因通常是编码生命必需的酶、辅酶或关键性的调控蛋白的基因，具有功能保守，进化缓慢，变化速度可覆盖整个进化历史，且序列变化速度与进化距离相当等特征。大多数直向同源基因功能相同或相近，调控途径也相似，因此在基因组序列的注释中，是最可靠的选择，例如人α一珠蛋白基因与小鼠α一珠蛋白基因。