舍利独宫，始建于1772年（清乾隆三十七年）。之所以叫做舍利独宫，是因为这里着供奉着本寺已圆寂的两位活佛的舍利宝塔。
结构
前面的这一尊舍利塔是第十三世赵祝千活佛洛藏久美丹贝嘉措的 舍利宝塔，于2006年8月1日准格尔召一期修复工程竣工开光庆典及旅游开发启动仪式安放。整个舍利塔用纯银139斤，宝石百余颗庄严而成，堪称镇寺之宝，是准格尔召的又一绝。左边供奉的是大活佛阿罗·堪布仓白占山的舍利宝塔。 景观
舍利独宫的后面供奉着藏传佛教格鲁派最具特色的护法神，分别是金刚瑜珈母、时轮金刚、胜乐金刚、密集金刚、大威德金刚、大轮金刚手、欢喜金刚，这些护法神像，集中表现了藏传佛教的教义特色。最中间是十世班禅额尔德尼·确吉坚赞的照片。