中国科学院沈阳应用生态研究所（以下简称沈阳生态所）成立于1954年，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年成为国家知识创新工程试点单位，2015年成为中国科学院“生态文明建设”领域首批特色研究所试点单位。 [1] 历史沿革
1954年10月，为适应东北地区经济建设的需要，由中国科学院林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处和长春综合研究所农产化学研究室微生物部分合并成立了中国科学院林业土壤研究所。
1962年7月，中共中科院党组扩大会议决定，林土所下放归东北分院领导，人员编制及经费等纳入分院计划，由中科院分配指标。