国家文物局水下文化遗产保护中心曾是负责组织实施全国水下文化遗产调查、发掘、研究和保护等工作的组织机构，成立于2012年6月13日。水下中心积曾极参与国家水下文化遗产保护南海基地、西沙工作站的建设工作。 中心简介
2012年6月13日，根据中央编办复字[2012]119号的批复，同意在中国文化遗产研究院加挂“国家文物局水下文化遗产保护中心”牌子，负责组织实施全国水下文化遗产调查、发掘、研究和保护等工作。新成立的国家文物局水下文化遗产保护中心（以下简称“水下中心”）在原中国文化遗产研究院国家水下文化遗产保护中心的基础上，人员、机构进一步得到扩大、多学科综合保护特色进一步得到突显、技术设备力量进一步得到提升，表明了国家大力发展水下文化遗产保护事业的决心，是国家对水下文化遗产保护事业进行统筹规划、管理的重要载体，也将是实现我国水下文化遗产保护事业跨越式发展的主要力量。 水下中心下设综合研究部、水下考古部、设备与技术保障部、出水文物科学保护实验室等部门，共有科研人员数十人，并先后在宁波、青岛、武汉、福建等地设立国家水下文化遗产保护基地，其中宁波基地已进入建造阶段，预计将于2013年建设完毕，2014年投入使用。 在国家文物局的指导下，水下中心组织编写了《国家水下文化遗产保护“十二五”规划》，作为未来五年的行业纲领性文件，逐步形成国家主导、地方参与，以沿海海域为主、适当兼顾内陆水域的水下文化遗产保护新格局。