分子病毒学（molecular virology）是病毒学与分子生物学相互渗透融合而形成的一门学科。它起源于1950年代分子生物学的兴起，并在1960年代以来取得了显著的发展，包括DNA病毒和RNA病毒复制机制的阐明，亚病毒的发现，以及病毒基因组的无性繁殖系的建立。 定义
分子病毒学是在分子水平上对病毒进行结构与功能研究的科学。 [2]它也是一门研究病毒基因组结构与功能，探寻病毒基因组复制、基因表达及其调控机制，提示病毒感染、致病的分子本质，为病毒基因工程疫苗和抗病毒药物的研制以及病毒病的诊断，预防和治疗提供理论基础及其依据的科学。 研究方向
分子病毒学主要向两个方向发展,在理论方面用分子生物学技术阐明病毒及病毒感染的本质,应用方面指病毒基因工程。主要研究领域如下：病毒的分子结构、 研究病毒基因组的结构与功能的关系。