根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈上海市人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2008〕17号）的规定，设立上海市卫生局，曾为市政府组成部门。上海市卫生局挂上海市中医药发展办公室牌子。[1] 主要职责
（一）贯彻执行有关卫生工作的法律、法规、规章和方针、政策。研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策。研究制订本市卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
（二）根据本市国民经济和社会发展总体规划，编制本市卫生事业的发展规划、区域卫生规划、年度工作计划，并负责组织实施。统筹和协调区域卫生资源。根据市政府授权和有关规定，将食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的职责交给市食品药品监督管理局承担。 （三）制定传染病和慢性非传染性疾病的防治规划，制定本市免疫规划及政策措施，依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延，组织开展全民健康教育与促进。研究制定妇幼卫生政策和规划，负责妇幼保健综合管理和监督，促进 妇幼卫生事业发展。