学院起源于1960年建立的“解算装置及技术”专业，1981年建立计算机科学与工程系，2006年建立计算机科学与工程学院。 学院下设计算机科学系、计算机工程系和影像科学与技术系，拥有“计算机科学与技术”、“软件工程”两个一级学科博士点，设有“计算机科学与技术”、“软件工程”一级学科博士后流动站。二级学科“计算机应用技术”1994年被评为江苏省重点学科，1999年设立教育部长江特聘教授岗，2002年、2007年连续被评选为国家重点学科。“计算机软件与理论”2006年成为江苏省重点学科。[1] 历史沿革
东南大学计算机科学与工程学院起源于1960年创建的"计算技术及装置专业"，这个专业是我国最早建立的计算机专业之一。从专业建立当年起面向全国招收本科生，1979年开始招收"计算机应用技术"专业硕士生，1980年成立东南大学计算机科学与工程系。为适应学科建设发展的需要，经学校研究决定，于2006年成立东南大学计算机科学与工程学院